Alcune piccole info sulle novità presenti.

>>>Obiettivi<<<
Come nel Chaos Theory ci saranno obiettivi primari, che dovrete portare a termine per forza, e obiettivi di opportunità (ovvero secondari), che potete anche tralasciare.
Inoltre sono presenti alcuni obiettivi in contrasto: sono obiettivi primari, che però potete portare a termine in due modi opposti, influenzando l'indicatore di fiducia (di cui parlerò più avanti). Ovviamente il completamente di un obiettivo in contrasto comporta l'impossibilità di completare l'altro. A seconda di quale obiettivo in contrasto porterete a termine cambierà il filmato di introduzione alla missione seguente e l'equipaggiamento disponibile.

>>>Hacking<<<
Diversamente da Chaos Theory, dove per entrare in sistemi protetti dovevate inserire una combinazione di numeri, questa volta il sistema di hacking è diverso: ci saranno due onde di frequenza, una rossa che si muoverà costantemente e una verde che potete spostare in modo da farla combaciare su quella rossa. Quando le due frequenze combaciano (è concesso un minimo margine di errore) sbloccherete il primo livello e passerete a quello successivo. Se sbagliate non succederà nulla, ma la barra rossa cambierà (come se aveste passato il livello). Ovviamente c'è una barra verde che rappresenta il tempo a disposizione per accedere al sistema.

>>>Disattivare le bombe<<<
Quando dovete disattivare le bombe noterete un display con un timer e 4 fili. Usando la levetta analogica sinistra potete selezionare i fili, e quando, non appena ne selezionate uno, questo vibra, tagliatelo premendo X. Ripetete lo stesso procedimento, ovvero selezionate i vari fili finchè non trovate quello che vibra e passate a quello successivo. Attenti però al timer, che partirà non appena avrete tagliato il primo filo.

>>>Modalità arresto<<<
Quando Sam è nel quartier generale del JBA se le guardie vi scoprono potrebbero cercare di arrestarvi e farvi prigionieri. Se ciò accade apparirà una schermata con due sequenza di tasti da premere entro un limite di tempo: una per abbattere il nemico, l'altro per afferrarlo. Tuttavia non accade sempre, a volte le guardie vorranno semplicemente uccidervi.

>>>Indicatore di fiducia<<<
La più importante novità è senza dubbio la barra della fiducia: essendo costretto a fare il doppio gioco, Sam dovrà mantenere il più in equilibrio possibile la fiducia fra NSA e JBA. Ogni obiettivo che svolgerete influenzerà la barra, quindi se svolgete un obiettivo in contrasto per il JBA (ad esempio), poi cercate di pareggiare i conti compiendo missioni secondarie per la NSA. Se la barra della fiducia cala a 0 (quindi tutta per il JBA), Lambert vi chiamerà e dovrete accedere ad un computer entro 90 secondi. Tuttavia non accade sempre. Se la barra della fiducia raggiunge il massimo (quindi tutta per la NSA), Emile vi chiamerà e dovrete raggiungerlo in un determinato punto o accedere ad un computer entro 90 secondi. Tuttavia non accade sempre.
Inoltre influisce molto sulla barra il comportamento che avete nei confronti dei nemici: ucciderli aumenta la fiducia per la JBA, viceversa per la NSA. Più nemici uccidete (o lasciate in vita), maggiore sarà l'influenza sulla barra. Infine, la barra della fiducia non influenza le missioni seguenti se non per quanto riguardo l'equipaggiamento che otterrete e i filmati introduttivi.

Ultima nota: i proiettili di gomma non metteranno KO in un sol colpo i nemici ma li stordiranno soltanto. Per finirli dovete usare un altro proiettile di gomma o attaccarli mentre non possono reagire.