In Far Cry 3 vestirai i panni di Jason Brody, un uomo solo al margine del mondo, bloccato su una misteriosa isola tropicale tagliata fuori dalla civiltą. In questo paradiso selvaggio, dove l'illegalitą e la violenza sono le uniche certezze, deciderai quando, dove e come si svolgeranno gli eventi del gioco. Dovrai farti strada lungo l'isola sparando, combattendo, innescando esplosioni e agendo furtivamente senza fare alcuna distinzione tra giusto o sbagliato.
Mentre Desmond contempla l'evanescente messaggio lasciato dal Soggetto 16 nella sua cella, Lucy, macchiata di sangue, entra e gli ordina di rientrare nell'Animus. Qui il protagonista assiste alla nascita di un bambino, Ezio, nell'Italia del Rinascimento, prima di essere estromesso bruscamente. I due fuggono dall'edificio dell'Abstergo e si rifugiano in un nascondiglio segreto dove li attendono due membri della confraternita degli Assassini: lo storico Shaun Hastings e l'esperta di computer Rebecca Crane. Lucy ritiene che i Templari non siano l'unica minaccia per l'umanitą, e che la chiave per svelare la veritą sia un giovane nobile fiorentino.
