Nel 2016 un attacco terroristico nucleare in Arabia Saudita uccide sei milioni di persone e paralizza la fornitura di petrolio dal Medio Oriente, gettando il mondo in una crisi energetica senza precedenti. L'anno successivo, gli Stati Uniti d'America e l'Unione Europea firmano uno storico trattato SLAMS (Space Land-Air Missile Shield), uno scudo spaziale in grado di neutralizzare missili nucleari in volo. Incoraggiati dal grande successo dei test a salve, gli Stati Uniti e l'Unione Europea dichiarano "la fine della guerra nucleare strategica", e il mondo celebra una nuova era di pace. La militarizzazione dello spazio raggiunge il suo picco nel 2020, quando gli Stati Uniti rivelano l'intenzione di voler lanciare la stazione spaziale Freedom Star, nel tentativo di riconquistare la sua posizione di superpotenza mondiale.
Giunto in una terra di mito e leggenda, il Principe di Persia si ritrova coinvolto in un’epica battaglia tra le forze primordiali della luce e dell’oscuritą. Purtroppo assiste alla distruzione del leggendario Albero della Vita – un’azione che minaccia di far piombare il mondo nell’oscuritą eterna. Subito dopo la distruzione dell’albero, incontra una giovane donna misteriosa di nome Elika, che afferma di essere una guardiana della terra. Questi due eroi uniranno le loro forze nel tentativo di fermare l’ascesa di un’antica e malvagia divinitą, conosciuta come Ahriman.
Ritornando nel regno di suo fratello dopo l’avventura ad Azad, il Principe trova il palazzo reale assediato da un’imponente armata decisa a distruggerlo. Utilizzando l’antico potere delle Sabbie nel disperato tentativo di salvare il regno dalla distruzione totale, il Principe intraprende un’epica avventura nella quale apprenderą che un grande potere comporta spesso anche un grande sacrificio.
La storia riprende da dove si era concluso Assassin's Creed II: Ezio Auditore fugge dal Vaticano con lo zio Mario, subito dopo aver sconfitto Rodrigo Borgia ed essere entrato nella cripta, dove Minerva attraverso di lui invia un messaggio a Desmond Miles, esortandolo a trovare tutti i Templi con i Frutti dell'Eden prima del 21 dicembre 2012.
