Il personaggio principale (creato dal giocatore) è un orfano allevato a Candlekeep, un'antica biblioteca fortificata a sud di Baldur's Gate. Il personaggio e la sua amica Imoen sono cresciuti insieme fin dall'infanzia, sotto la tutela del loro padre adottivo Gorion. Tuttavia, strani avvenimenti stanno accadendo sulla Costa della Spada: la produzione di ferro è virtualmente ferma, i banditi infestano le campagne alla ricerca di ferro oltre ogni altro tesoro e il metallo che giunge a destinazione si sgretola rapidamente. Fatto ancor più strano, persino dentro le sicure mura di Candlekeep, sembrano esserci mercenari assoldati per porre fine alla vita del protagonista.
Il personaggio del giocatore si sveglia da solo in una gabbia; non ricorda come sia finito lì, tutto quel che gli torna in mente sono delle figure ammantate nell'oscurità che l'hanno catturato rapidamente e silenziosamente. Ben presto scopre di essere stato privato di tutto il suo denaro ed equipaggiamento e fatto prigioniero da un misterioso mago di cui ignora gli intenti. Tuttavia, mentre il mago si prepara a "esperimenti di resistenza" sul protagonista, un servitore Golem riferisce di disordini nei livelli più alti del dungeon. Il mago è quindi costretto ad andare ad affrontare una banda di ladri che si sono introdotti nel complesso sotterraneo. Ben presto Imoen (già presente nel Baldur's Gate originario), maga/ladra amica d'infanzia del protagonista, irrompe nella stanza e lo libera; insieme incontrano i vecchi compagni di avventura Jaheira e Minsc, e decidono di farsi strada per la prigione in modo da liberare eventuali altri compagni prigionieri, trovare risposte alle loro domande e avere vendetta per il trattamento ricevuto da un mago di cui ancora ignorano persino il nome.
La profezia in Baldur's Gate di un tempo in cui la Progenie di Bhaal avrebbe distrutto e ucciso per nutrire il dio dell'omicidio e portato un nuovo occupante del Trono di Sangue si compie. I membri della Progenie combattono, alcuni per guadagnare la divinità, altri per eliminare l'essenza del dio Malvagio e portare avanti una nuova luce di Equilibrio o di Bene, altri ancora solo lottano semplicemente per sopravvivere.
