In un passato alquanto remoto i Signori dell'Arena - i Vadrigar - costruirono l'Arena Eternal, un gigantesco agglomerato di strutture, pieno di armi e di trappole, nella quale fecero combattere i guerrieri più famosi di tutti i tempi.
Non si sa quasi nulla di questi soggetti, i guerrieri rimasti uccisi durante lo scontro vengono automaticamente riportati in vita per non privare i Vadrigar del loro divertimento preferito. Colui che trionferà in tutte le battaglie dovrà infine scontrarsi con Xaero, il Signore dell'Arena Finale.
In Quake II si impersona un Marine spaziale del quale si conosce solo il soprannome, "Bitterman", uno dei tanti soldati che fa parte dell'Operazione Alien Overlord, ultimo e disperato contrattacco da parte della razza umana contro gli alieni invasori chiamati Strogg.
Dal giorno del salto quantico e del tradimento di Krone, la vita non è più la stessa. Un tempo pura e prospera, la città di Alpha District è ora una realtà diversa, forgiata nel caos e nella distruzione.
Unisciti ai ribelli, controlla il tempo e diventa l'arma definitiva. Solo con questa abilità e la tua tenacia potrai comandare la sommossa e porre fine alla pazzia di Krone.
