Altra trovata decisamente intrigante è quella del sistema di gioco che si basa su tutta una serie di delitti incrociati. The Ship è nato per essere giocato in multiplayer ed in questa modalità che raggiunge l'apice del divertimento anche se è comunque possibile giocare in locale con i bot.
I passeggeri a bordo della nave sono tutti assoldati da un certo MisterX il quale ha assegnato ad ognuno di loro una vittima diversa. Il giocatore dovrà quindi cercare di portare a termine il suo crimine senza essere visto, scoprendo chi sia fra i passeggeri la sua preda, pedinandola e aspettando l'occasione giusta per farla fuori. Le cose non sono però così facili dal momento che ognuno dei passeggeri assume la duplice funzione di cacciatore e preda, secondo un intreccio malefico ideato da Mister X. Occorre perciò stare sempre all'erta e guardarsi bene le spalle mentre si gira per la nave perché spesso e volentieri si verificano curiose scene di pedinamenti e omicidi a catena.
I round hanno inizio con tutti i passeggeri nelle proprie cabine. Dopo alcuni minuti di riscaldamento, durante i quali è possibile cominciare a muoversi per esplorare l'ambiente e cercare utili oggetti come armi del delitto e beni di conforto (vedremo in seguito il loro utilizzo), Mister X comunicherà ad ogni passeggero il nome della sua preda e le danze potranno avere inizio. Conoscere il nome della propria vittima non significa averla automaticamente identificata: gironzolando per la nave e incontrando gli altri passeggeri si avrà bisogno di osservarli per qualche secondo prima di svelarne l'identità. Una volta scoperto il volto della propria preda questo appare in un apposito riquadro nella parte inferiore destra dello schermo, insieme all'indicazione che Mister X fornisce sull'ultimo posto in cui è stata vista. La prima cosa da fare è, ovviamente, procurarsi un'arma e la nave ne fornisce di davvero varie e stravaganti. Si va dal rasoio trovato nel comodino all'accetta del servizio anti-incendio, dal forcone del barbecue al coltello preso dalla cucina, dalla siringa avvelenata alla pistola, passando per sfollagente, braccia di manichini e tanti altri oggetti più o meno improbabili. Ma non si uccide solo con le armi; la nave, infatti, presenta diverse trappole che possono essere sfruttate a questo scopo.
L'inventario è pieno di oggetti utili. Non avete tempo per andare in bagno? Usate l'apposita sacchetto...
Come detto precedentemente una prerogativa indispensabile del gioco è quella di non farsi scoprire durante l'esecuzione del delitto. E' per questo che occorre portare a termine le proprie efferatezze in luoghi appartati dove non ci siano testimoni, membri dell'equipaggio o telecamere. Se si viene colti in flagranza, infatti, si viene arrestati, privati di tutti i propri beni e trattenuti nelle prigioni della nave per diversi minuti anche se talvolta la cosa può risultare comoda se si vuole stare al sicuro ed evitare di venire eliminati da un cacciatore troppo bravo. Può comunque capitare che il relativo cacciatore si procuri una pistola e spari a distanza attraverso le sbarre della prigione, quindi il consiglio è ancora quello: sempre all'erta.
A questo punto si potrà pensare che per non rischiare nulla un giocatore possa semplicemente starsene sempre e comunque in una zona della nave frequentata e, magari, sorvegliata dalle telecamere, ma è proprio qui che interviene un'altra delle simpatiche trovate degli sviluppatori del gioco. I passeggeri sono comunque degli esseri umani e come tali hanno delle necessità fisiche (innanzitutto) ed intellettuali che li costringono a muoversi all'interno della nave. Tutta una serie di indicatori, infatti, informano il giocatore sulle condizioni del proprio personaggio: livello di fame, di sete, di sonno, di pulizia, la necessità di parlare con qualcuno, di svagarsi e, non certo ultima in fatto di importanza, l'urgenza di trovare una toilette.
Questi valori variano durante la partita a seconda delle attività svolte e costringeranno il giocatore a muoversi per la nave alla ricerca di un ristorante, di un bar, di una doccia, di un bagno o di un letto.
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