La trama di Gothic 3 continua da dove è stata lasciata nel precedente capitolo; l'eroe e i suoi compagni, in viaggio sulla nave dei paladini (l'"Esmeralda"), approdano finalmente a Myrtana. Il gioco comincia quindi in un piccolo villaggio sulla costa di Myrtana, "Ardea", dove l'eroe e i suoi compagni della colonia (Diego, Gorn, Lester e Milten) dovranno affrontare degli orchi che hanno invaso il villaggio e schiavizzato i suoi abitanti. Si viene quindi a sapere che la guerra è stata vinta dagli orchi e che ormai tutto il continente (tranne la capitale) è stato da loro occupato e che Xardas (il nostro vecchio mentore e negromante), grazie al potere di Beliar dio dell'oscurità, ha assorbito la magia delle rune magiche dentro una pietra focalizzatrice, privando quindi i paladini e i maghi della magia, necessaria per sconfiggere gli orchi.