Il videogioco riprende la storia da dove Gothic I era terminato: il nostro eroe senza nome è riuscito a scappare dalla Valle delle Miniere dopo aver sconfitto il Dormiente e dopo aver distrutto la barriera magica. L'eroe approda sull'isola di Khorinis, salvato dal suo mentore, il Mago Xardas.
Cercando una via di fuga dall'isola, scoprirà che il negromante Xardas ha ancora un compito per lui: fermare il male che si trova nascosto da qualche parte a Khorinis e garantirsi nello stesso tempo la libertà, tornando sul continente principale del regno di Myrtana.
La trama di Gothic 3 continua da dove è stata lasciata nel precedente capitolo; l'eroe e i suoi compagni, in viaggio sulla nave dei paladini (l'"Esmeralda"), approdano finalmente a Myrtana. Il gioco comincia quindi in un piccolo villaggio sulla costa di Myrtana, "Ardea", dove l'eroe e i suoi compagni della colonia (Diego, Gorn, Lester e Milten) dovranno affrontare degli orchi che hanno invaso il villaggio e schiavizzato i suoi abitanti. Si viene quindi a sapere che la guerra è stata vinta dagli orchi e che ormai tutto il continente (tranne la capitale) è stato da loro occupato e che Xardas (il nostro vecchio mentore e negromante), grazie al potere di Beliar dio dell'oscurità, ha assorbito la magia delle rune magiche dentro una pietra focalizzatrice, privando quindi i paladini e i maghi della magia, necessaria per sconfiggere gli orchi.
