Il videogioco riprende la storia da dove Gothic I era terminato: il nostro eroe senza nome è riuscito a scappare dalla Valle delle Miniere dopo aver sconfitto il Dormiente e dopo aver distrutto la barriera magica. L'eroe approda sull'isola di Khorinis, salvato dal suo mentore, il Mago Xardas.
Cercando una via di fuga dall'isola, scoprirà che il negromante Xardas ha ancora un compito per lui: fermare il male che si trova nascosto da qualche parte a Khorinis e garantirsi nello stesso tempo la libertà, tornando sul continente principale del regno di Myrtana.