L'era degli stati-nazione volge al termine e la regolamentazione bellica evolve rapidamente. Un numero sempre maggiore di nazioni diventa dipendente dalle Compagnie Private Militari (PMCs) un'élite di mercenari con una concezione piuttosto labile della legge. Gli Accordi di Reykjavik legittimano ulteriormente la loro esistenza autorizzando il loro intervento in ogni aspetto delle operazioni militari.
XVIII secolo, America del Nord. Tra il caos e la violenza della guerra franco-indiana, Shay Patrick Cormac, un giovane e audace membro della Confraternita degli Assassini, subisce un profondo cambiamento, che influenzerà per sempre il futuro delle colonie americane. Dopo una pericolosa missione finita tragicamente, Shay decide di voltare le spalle agli Assassini, che per vendicarsi, cercheranno di ucciderlo. Isolato da coloro che un tempo chiamava fratelli, Shay intraprende una missione per eliminare i suoi nuovi avversari e diventare il più temuto cacciatore di Assassini della storia.
Assassin's Creed Rogue è in assoluto il capitolo più oscuro dell'intero franchise di Assassin's Creed. Nei panni di Shay, vivrai una lenta ma profonda trasformazione da Assassino a cacciatore di Assassini. Segui il tuo credo e intraprendi una missione per eliminare gli Assassini attraverso New York e le selvagge valli fluviali del continente, fino a raggiungere le glaciali acque dell'Atlantico del Nord.