Per 400 anni il Pianeta Hyda IV è stato un mondo dove esseri umani e alieni vivevano insieme in pace. Per questo motivo l'influenza della Pangalactic Federation, l'alleanza che era riuscita a mantenere la pace nel corso dei secoli, si diffondeva sempre più in tutto l'universo.
Tuttavia, nell'anno 772 del calendario SD, questo lungo periodo di serenità venne bruscamente interrotto quando una misteriosa superpotenza attaccò il pianeta senza preavviso.
Dopo che il giovane Fayt Leingod e la sua amica Sophia Esteed si vedono costretti a fuggire dal pianeta, perché separati dai genitori di Fayt nel bel mezzo del caos e della violenza divampata durante questi tragici eventi, i due decidono di iniziare un viaggio sentimentale nel tentativo di ritrovare le persone che amano.
Balmung realizes that he cannot end the situation on his own, and joins Kite's quest. BlackRose tells Kite that her brother became comatose under similar circumstances as Orca, which renews both characters' determination. Wiseman formulates a plan to combat the Cursed Wave, enlisting Helba's assistance.
.hack//Quarantine sees the current server becoming increasingly unstable. To fix the problem, Helba replaces it with a copy of the Net Slum. At the bottom of a dungeon, Kite encounters Mia, a member of his party. He discovers that Mia is actually another Cursed Wave monster named Macha, whom he reluctantly defeats.
