La storia di Assassin's Creed inizia nel settembre del 2012, quando un barista di nome Desmond Miles, si risveglia dopo una sessione difettosa dell'Animus (uno speciale macchinario) all'interno dei laboratori delle Industrie Abstergo a Roma dopo essere stato rapito. Desmond è stato "scelto" per il progetto per via del suo antenato Altaïr, un membro della setta degli Assassini vissuto durante la Terza Crociata in Terra Santa; i dirigenti dell'Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui ha avuto a che fare Altaïr e vorrebbero saperne di più.
Indagando sulla morte di sua figlia, l'ex agente segreto Sam Fisher scopre casualmente di essere stato tradito dalla sua stessa agenzia, Third Echelon. Sam Fisher, nei panni di un traditore del suo paese, si ritrova coinvolto in una corsa contro il tempo per impedire un attacco terroristico che minaccia milioni di vite innocenti.
La storia riprende da dove si era concluso Assassin's Creed II: Ezio Auditore fugge dal Vaticano con lo zio Mario, subito dopo aver sconfitto Rodrigo Borgia ed essere entrato nella cripta, dove Minerva attraverso di lui invia un messaggio a Desmond Miles, esortandolo a trovare tutti i Templi con i Frutti dell'Eden prima del 21 dicembre 2012.
Gli Stati Uniti vantano una presenza militare in due terzi dei paesi del mondo. Alcuni di loro ne hanno abbastanza. Un gruppo di terroristi chiamato gli ingegneri ha avviato un terribile ultimatum chiamato Blacklist: un letale conto alla rovescia di attacchi crescenti ai danni degli Stati Uniti sia in patria sia all'estero.
Sam è tornato con la sua tuta e i suoi visori ed è più pericoloso e agile che mai. Autorizzato a fare qualsiasi cosa sia necessaria per fermare la Blacklist, Sam vola dalle località esotiche alle città americane in una corsa contro il tempo per scoprire chi si nasconde dietro questa terrificante minaccia.
Ambientato alla fine del 18° secolo, durante la guerra di indipendenza americana, Assassin's Creed III introduce un nuovo eroe, Ratohnhaké: Ton, di origini sia native americane che inglesi. Dopo aver adottato il nome di Connor, il protagonista diventa la nuova voce della giustizia nell'antico conflitto tra Assassini e Templari.
I giocatori assumeranno così il ruolo di un Assassino nella guerra per la libertà contro la spietata tirannia degli inglesi e vivranno una delle esperienze di combattimento più realistiche e intense mai apparse nella serie.
