Sono tempi di guerra. Galbadia, una superpotenza mondiale, dichiara guerra a Dollet. Nell'accademia militare di Dollet si addestrano due guerrieri straordinari: l'ambizioso Seifer e il "lupo solitario" Squall Leonhart, in conflitto tra loro esattamente come il loro paese lo è con Galbadia. Mentre Squall sembra totalmente privo di spirito di squadra, a Seifer manca la disciplina del suo rivale. Ma l'incontro casuale con Rinoa Heartilly stravolge l'esistenza di Squall che, dopo una vita votata alla disciplina, trova l'indipendenza di Rinoa molto affascinante. Nel frattempo, Squall continua a sognare Laguna Loire, un soldato dell'esercito di Galbadia...
Gli uomini di Galbadia sono spinti alla guerra da una strega malvagia.
Riusciranno Squall e i suoi amici a sconfiggere questa maga malefica e a salvare il mondo? Che ruolo avrà Laguna Loire in tutto questo?
La trama viene espansa in maniera esauriente nei primi 3 capitoli del gioco, aggiungendo molte missioni e diverse altre scelte tra le classi disponibili. Una delle aggiunte più evidenti è la presenza di un nuovo livello (o mondo) chiamato "Jharkendar", che consiste in una nuova zona estesa quanto la mappa principale (Khorinis).
