Hai il ruolo di Adam Jensen, un ex specialista SWAT che è stato selezionato per sovrintendere alla difesa di una delle compagnie biotecnologiche sperimentali più importanti degli Stati Uniti.
Il tuo lavoro consiste nel salvaguardare i secreti della compagnia, ma quando un commando di black ops irrompe e uccide proprio gli scienziati che dovevi proteggere, tutto ciò che credevi di sapere sul tuo lavoro cambia. Mortalmente ferito durante l'attacco, non hai altra scelta che ricorrere agli impianti cibernetici per rimanere in vita. Presto ti ritroverai a vagare per il mondo senza sapere di chi ti puoi fidare. In un tempo in cui gli avanzamenti tecnologici stanno convertendo gli atleti, i soldati e le spie in essere super-avanzati, qualcuno sta lavorando alacremente affinché l'evoluzione della razza umana segua un particolare percorso. Dovrai scoprire dove conduce quel percorso. Perché quando tutto è stato deciso e detto, le decisioni che prenderai e le scelte che farai saranno le uniche cose che potranno cambiare la realtà.
Mentre gli Stati Uniti stanno diventando una potenza mondiale, la città volante di Columbia viene inaugurata in pompa magna e rappresenta l'emblema degli ideali americani. Le cose però volgono al peggio quando il nuovo simbolo della speranza sparisce tra le nuvole. Il più grande traguardo nella storia dell'America scompare senza lasciar traccia.
Il giocatore dovrà vestire i panni dell'ex agente della Pinkerton, Booker DeWitt, mandato a Columbia per salvare Elizabeth, una giovane donna imprigionata lì sin dall'infanzia. Pinkerton svilupperà una particolare relazione con Elizabeth che gli permetterà di potenziare le sue abilità e fuggire da una città che sta letteralmente precipitando verso il suolo. DeWitt dovrà imparare a destreggiarsi nell'uso di dozzine di armi e nuovi potenti talenti per affrontare i nemici che lo attendono in battaglie mozzafiato tra i cieli di Columbia.
