Invasori di un altro pianeta attaccano senza preavviso, scatenando un nuovo tipo di minaccia: armi meccaniche note come "forme di vita cibernetiche" in grado di controllare il genere umano.
Il consiglio dell'umanitą, dopo aver guidato il genere umano sulla Luna, decide di organizzare una resistenza formata da androidi, producendo una nuova unitą d fanteria soprannominata " YoRHa " .
Mentre la guerra infuria, nel deserto abbandonato del pianeta un organismo non umano combatterą per la salvezza della Terra, svelando una veritą dimenticata per troppo tempo.