Come ogni picchiaduro tradizionale, ogni personaggio possiede una storia differente. Dopo una breve introduzione differente per ogni personaggio, si arriva all'incontro fra il suddetto e Aeon, un viaggiatore nel tempo che ci rivela d'essere stati trasportati in un "time rift", ovvero in una spaccatura temporale. Lo scopo della storia è superare tutte le prove (battere in combattimento tutti gli avversari) per poter infine esaudire un desiderio del nostro personaggio. Dopo aver completato la storia con tutti i personaggi avremo la possibilità di ripercorrere nuovamente la storia con i vari personaggi per poter salvare il corso del tempo da un temibile nemico venuto dal futuro.