Come ogni picchiaduro tradizionale, ogni personaggio possiede una storia differente. Dopo una breve introduzione differente per ogni personaggio, si arriva all'incontro fra il suddetto e Aeon, un viaggiatore nel tempo che ci rivela d'essere stati trasportati in un "time rift", ovvero in una spaccatura temporale. Lo scopo della storia è superare tutte le prove (battere in combattimento tutti gli avversari) per poter infine esaudire un desiderio del nostro personaggio. Dopo aver completato la storia con tutti i personaggi avremo la possibilità di ripercorrere nuovamente la storia con i vari personaggi per poter salvare il corso del tempo da un temibile nemico venuto dal futuro.
Il prologo mostra il protagonista, Harry Mason, che si diverte con la figlia Cheryl in quello che sembra essere un classico video amatoriale. Un misterioso incidente d'auto li divide. Il protagonista si reca da uno psicoanalista e inizia il racconto dei ricordi, che sono frammentati, disturbati.
