La storia di Blood Money ruota attorno agli omicidi compiuti dal protagonista, l'Agente 47, raccontati nelle scene iniziali del gioco dal vecchio direttore dell'FBI ad un giornalista invitato nella sua casa mentre discutevano dell'agente. L'ex-direttore, costretto a vivere su una sedia a rotelle, narra in che modo la sua organizzazione pediṇ l'Agente 47 per oltre due anni osservando le sue operazioni, ciascuna delle quali viene rivissuta durante l'avanzamento all'interno del videogioco.
