Anche se ci si può muovere in profondità queste sezioni richiamano alla mente gli episodi bidimensionali della serie.
Si utilizza il solo Wii Remote, che per la stragrande parte del tempo dovrà essere impugnato in orizzontale in stile Nes. Utilizzare la croce digitale per un gioco che fondamentalmente è in 3D può apparire scomodo, ma tutto sommato Samus si lascia controllare abbastanza agevolmente, e la rinuncia allo stick analogico del Nunchuk è il dovuto compromesso per rendere maggiormente agevole il cambio d'impugnatura del Wii Mote, che una volta puntato verso lo schermo ci permetterà di visualizzare l'ambiente in prima persona.Questo cambio d'inquadratura avviene in maniera sorprendentemente fluida e realistica, ed è intimamente legato con le diverse fasi che permeano la giocabilità del titolo. Rinchiudere i vari episodi di Metroid all'interno di un unico genere è sempre stata una forzatura, e per Other M il compito risulta ancora più improbo. Le sezioni in terza persona, che costituiscono il cardine del gioco, sono un riuscitissimo mix di platform, sparatutto ed azione, e nonostante rimanga sempre un gioco in 3D, la ricorrente visuale laterale richiama alla mente le prime avventure della nostra cacciatrice di taglie. Samus Aran salta (anche da una parete all'altra), si arrampica, combatte (addirittura dimostrandosi esperta anche nel “corpo a corpo”) ed ovviamente spara tramite il suo braccio cannone. Gli scontri a fuoco funzionano abbastanza bene anche grazie ad una sorta di agganciamento semi automatico del nemico che permette di colpirlo anche quando non si trova sui nostri assi direzionali.
In particolari casi ed a seconda dei nemici e del loro livello di energia, si potranno eseguire anche delle azioni “sensibili al contesto” e balzare sulla testa dei nostri nemici per finirli con una letale scarica di raggi o in altri modo spettacolarmente efficaci. Soprattutto negli scontri contro i boss potrebbe risultare determinante sapersi ben destreggiare con le schivate, eseguibili premendo con il giusto tempismo una delle quatto direzioni nella croce; scansare gli attacchi risulta spesso una delle chiavi di successo per poter cogliere di sorpresa i nostri avversari. Passando invece alla visuale in prima persona, avremo modo di esplorare con maggiore efficacia l'ambiente circostante (alla ricerca per esempio di qualche interruttore da attivare) e soprattutto di sparare i missili. L'impossibilità di potersi muovere durante l'utilizzo di questa visuale (a parte la possibilità di una osservazione a 360°), ci costringerà soprattutto durante gli scontri più frenetici a leggere con molta attenzione la situazione, per capire con precisione in quale momento sarà più conveniente passare da una inquadratura all'altra: il rischio di venire colpiti da nemici terzi, mentre si è concentrati a sparar missili verso quello principale sarà sempre in agguato.
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