L'unico rumore che sentite è solo il battito rallentato del vostro cuore, e il vostro rantolante respiro quando, come in una serie di flash vedrete mondi e creature aliene. Il vostro oroscopo di sicuro dice bene, avete un nuovo lavoro (pardon forse avevate un nuovo lavoro, N.d.R.)e siete passati praticamente indenni ad un disastro incredibile. Dopo chissà quante ore di incoscienza vi risvegliate nel luogo dell'esperimento totalmente devastato, ovviamente scappate, e una volta usciti capirete che non solo tutto il complesso e' stato danneggiato, ma tutto il caos generato ha fatto si che il nostro mondo si incrociasse parallelamente con uno alieno, trasformando Black Mesa in una sorta di portale, permettendo a questi ostili visitatori di farci una visitina (leggere dal gergo militare "visita parenti", N.d.R.). Come se non bastasse, e come si vede nei migliori film d'azione made in States, arrivano i loro, niente popò di meno che i Marine!! Ficooooo direte voi, e invece l'oroscopo comincia a girare male, decisamente male... Al solito il Pentagono, per non far apparire tutto sulle prime pagine dei giornali, li ha mandati con la stessa funzione di un coperchio per coprire il pentolone che bolle, ammazziamo tutti cosi nessuno parla! Ragazzi diffidate dalle offerte di lavoro del governo americano!!!
In sintesi questa è la trama, concentrata praticamente per il 90% nei primi 15/20 minuti di gioco, e che seguirà un evolversi più o meno vario in seguito. Rispetto a Shogo ed altri, la trama e' molto meno laboriosa, a raccontarla sembra meno curata eppure non e' così. In pratica il viaggio nel trenino (all'interno dello stesso voi vi muoverete liberamente) serve a farvi intuire chi siete e cosa fate o cosa dovrete fare, non esiste un solo spezzone in cui voi vi vedete dall'esterno o come nel succitato Sin Elexis fare e dire qualcosa, tutto quello che è trama lo potrete intuire, difficilmente vi verrà detto di fare questa missione, oppure la missione e' cambiata, come nel classico F1 di Quake 2