1974, Costa Rica: Big Boss e Miller vengono visitati dal professore Gālvez e dalla sua giovane allieva Paz, i quali spiegano loro che dei mercenari della CIA sono entrati in Costa Rica. La Costa Rica non possiede un esercito e per questo viene chiesto a Big Boss di scacciare la CIA, fornendo in cambio una piattaforma marittima nel Mare dei Caraibi. Big Boss riesce a contattare i Sadinisti, ma si scopre che il comandante č stato ucciso dalla guardia nazionale di Somoza dai suoi due figli, Amanda e Chico, scappati in Costa Rica per sfuggire a Somoza. Dopo aver appreso ciō, Chico viene rapito dal Chrisalis, un grosso Metal Gear I.A. volante soprannominato da Amanda "El Colibrė".
