La trama di The Last Guardian segue la storia di un giovane ragazzo in fuga da quello che sembra un gigantesco castello in rovina da cui sembra esservi stato imprigionato da qualcuno. L'avventura č incentrata sul legame tra il ragazzo e un enorme creatura simile ad un grifone di nome Trico.
Inizialmente Trico č incatenato ed ha lance e frecce conficcate nel corpo. Dopo la sua liberazione sarā inizialmente ostile verso il ragazzo, ma durante il corso del gioco, tra i due si svilupperā un grande legame reciproco.
I due cercheranno quindi di evadere insieme dal castello in rovina, superando ostacoli rappresentati dalla stessa pericolante struttura e fuggendo da dei soldati in armatura, probabilmente gli stessi che hanno imprigionato Trico.
Un uomo di nome Wander ed il suo fedele destriero Agro, si sono addentrati in una regione bella e allo stesso tempo proibita agli uomini mortali.
Questo loro viaggio č dovuto al desiderio di far tornare in vita una ragazza di nome Mono. Giunti finalmente nel Tempio del luogo, chiedono a Dormin di restituire la vita all'amata, deposta con cura sull'altare dell'edificio.
L'amore profondo per la fanciulla convince Wander ad intraprendere epiche battaglie in quelle terre desolate e sconfinate. Sedici colossi da abbattere in nome di quella divinitā che ha in mano il destino di Mono.