Porting su Nintendo 3DS del celebre JRPG pubblicato nel 2006 su PS2.
Un giullare malvagio ruba uno scettro magico dal castello del re Trode, per conquistare un potere immenso con il quale vuole dominare tutto il mondo. Una diabolica maledizione intrappola il regno di Trodain in un groviglio di rovi magici e tutti i servitori del re sono trasformati in piante tranne re Trode, trasformato in un mostriciattolo, la principessa Medea, trasformata in un cavallo, ed Eroe, l'unica guardia del re rimasta illesa. Nella speranza di riportare il regno di Trodain al suo antico splendore, i tre intraprendono un lungo viaggio per dare la caccia allo stregone malvagio; a loro si uniranno il bandito Yangus, a cui l'eroe salva la vita, la maga Jessica e un cavaliere templare di nome Angelo. Così inizia la storia che si diramerà in tantissime avventure fantastiche, incontrando re, regine, ladri, draghi, maghi e mostri di ogni sorta, ma anche amici ed alleati.
Il futuro di Ivalice è in bilico, il possente esercito dell'Impero di Arcadia è sempre più vicino al conflitto armato con il suo rivale storico, l'Impero di Rozaria.
Intanto, nel piccolo regno di Dalmasca, stretto tra queste due potenze, si celebrano le nozze reali nella speranza di un futuro prospero.
Due anni dopo, un giovane ladruncolo di nome Vaan osserva estasiato i cieli di Dalmasca, sognando di lasciare la sua terra decaduta e diventare un aviopirata, libero di viaggiare in ogni dove.
Vaan scoprirà che la libertà alla quale anela non è facile da ottenere: per realizzare i suoi sogni, dovrà prima realizzare i sogni di un'intera nazione.
Per 400 anni il Pianeta Hyda IV è stato un mondo dove esseri umani e alieni vivevano insieme in pace. Per questo motivo l'influenza della Pangalactic Federation, l'alleanza che era riuscita a mantenere la pace nel corso dei secoli, si diffondeva sempre più in tutto l'universo.
Tuttavia, nell'anno 772 del calendario SD, questo lungo periodo di serenità venne bruscamente interrotto quando una misteriosa superpotenza attaccò il pianeta senza preavviso.
Dopo che il giovane Fayt Leingod e la sua amica Sophia Esteed si vedono costretti a fuggire dal pianeta, perché separati dai genitori di Fayt nel bel mezzo del caos e della violenza divampata durante questi tragici eventi, i due decidono di iniziare un viaggio sentimentale nel tentativo di ritrovare le persone che amano.