La seconda guerra mondiale è prossima alla conclusione e russi e tedeschi si scontrano in una furiosa battaglia per la conquista di Berlino. Il giocatore veste i panni di un tiratore scelto americano inviato dall'OSS, la cui missione è di vitale importanza: recuperare le informazioni del progetto nucleare tedesco per evitare che Stalin acceda alle ricerche sulla bomba atomica e alla tecnologia V2 della Germania, un'anticipazione della guerra fredda.
Dopo gli eventi narrati nel primo Soul Calibur, Siegfried, il cavaliere alla ricerca dell'assassino del padre, è arrivato a brandire la spada, tuttavia, la malvagità che albergava nella sua anima ha avuto il sopravvento, rendendolo schiavo della Soul Edge. Trasformatosi così nel cavaliere azzurro, Nightmare, Siegfried ha iniziato a girare l'intera Europa per brandire altre anime con cui sfamare la sua interminabile sete di potere.
Dopo innumerevoli ed orribili omicidi a cui è stato costretto dalla Soul Edge, Siegfried riesce a liberarsi dalla schiavitù che lo imprigionava, grazie all'aiuto della spada gemella Soul Calibur. Tuttavia la sua parte malvagia, Nightmare, è ancora viva, racchiusa in un'armatura vuota, ed è in cerca di vendetta. I due guerrieri, quindi, vogliono entrambi chiudere una volta per tutte la faccenda ma, nell'ombra, un altro personaggio sta tramando il suo piano. Zasalamel, l'uomo maledetto che non può morire, nel momento in cui uno dei due cavalieri trionferà sull'altro, prenderà il potere di entrambe le spade, per porre fine alla maledizione che lo costringe a vivere per sempre.
