La versione standard di Subsistence contiene due dischi: nel primo è presente Metal Gear Solid 3: Snake Eater, dotato di alcune migliorie: ad esempio, alla classica visuale isometrica della serie, con la telecamera posizionata sopra al protagonista, adesso è stata aggiunta la visuale libera in terza persona, liberamente orientabile con lo stick analogico destro; altre caratteristiche includono nuove uniformi per il protagonista, una nuova modalità chiamata "Duel mode", e il ritorno del mini-gioco "Snake vs Monkey", nella quale Snake deve catturare le scimmie di Ape Escape. Il secondo disco, chiamato Persistence, contiene una versione del gioco online con modalità multiplayer, oltre che le versioni "rivedute e corrette" dei primi due capitoli della saga, originariamente sviluppati per MSX: Metal Gear e Metal Gear 2: Solid Snake.
