L'era degli stati-nazione volge al termine e la regolamentazione bellica evolve rapidamente. Un numero sempre maggiore di nazioni diventa dipendente dalle Compagnie Private Militari (PMCs) un'élite di mercenari con una concezione piuttosto labile della legge. Gli Accordi di Reykjavik legittimano ulteriormente la loro esistenza autorizzando il loro intervento in ogni aspetto delle operazioni militari.
Indagando sulla morte di sua figlia, l'ex agente segreto Sam Fisher scopre casualmente di essere stato tradito dalla sua stessa agenzia, Third Echelon. Sam Fisher, nei panni di un traditore del suo paese, si ritrova coinvolto in una corsa contro il tempo per impedire un attacco terroristico che minaccia milioni di vite innocenti.
La storia riprende da dove si era concluso Assassin's Creed II: Ezio Auditore fugge dal Vaticano con lo zio Mario, subito dopo aver sconfitto Rodrigo Borgia ed essere entrato nella cripta, dove Minerva attraverso di lui invia un messaggio a Desmond Miles, esortandolo a trovare tutti i Templi con i Frutti dell'Eden prima del 21 dicembre 2012.
