L'anno è il 2052, il mondo è un posto pericoloso e caotico. Le azioni terroristiche sono all'€™ordine del giorno e uccidono migliaia di persone; droghe, malattie e inquinamento fanno ancora più¹ vittime. Le economie mondiali sono vicine al collasso e il divario fra ricchissimi e disperatamente poveri cresce sempre di più.
Come se non bastasse, un'antica cospirazione, interessata al dominio mondiale, ha deciso che è arrivato il momento di uscire dall'ombra per prendere il controllo.
La storia di Blood Money ruota attorno agli omicidi compiuti dal protagonista, l'Agente 47, raccontati nelle scene iniziali del gioco dal vecchio direttore dell'FBI ad un giornalista invitato nella sua casa mentre discutevano dell'agente. L'ex-direttore, costretto a vivere su una sedia a rotelle, narra in che modo la sua organizzazione pedinò l'Agente 47 per oltre due anni osservando le sue operazioni, ciascuna delle quali viene rivissuta durante l'avanzamento all'interno del videogioco.
In un luogo sconosciuto, il soggetto 47 giace nel letto della sua cella, quando una voce proveniente da un altoparlante lo sveglia e lo istruisce nell'allenarsi in compiti diversi. L'addestramento si conclude con l'uccisione di una guardia e la fuga di 47.Un anno dopo, 47 è un assassino professionista dell'International Contract Agency (ICA)
