Nel primo pacchetto di missioni di Nova: Operazioni Segrete impersonerete November "Nova" Terra, il Fantasma più potente del Dominio. Nei panni di Nova vi saranno assegnati compiti tanto pericolosi quanto indispensabili per la sopravvivenza del Dominio: infiltrarsi nelle basi nemiche, fermare invasioni planetarie, sfruttare tecnologie in via di sperimentazione, e alcune altre operazioni top-secret.