Pochi mesi dopo gli avvenimenti raccontati nel primo capitolo, la Confraternita d'Acciaio (Brotherhood of Steel) si trova ad un bivio: accogliere tra le proprie fila degli "esterni", rivelando al mondo i segreti tecnologici tanto protetti, oppure continuare con la propria politica di conservazione della Conoscenza, rischiando però l'estinzione? Le due fazioni dibattono a lungo, ma alla fine prevale la politica dell'isolamento. Per evitare conflitti interni, i principali rappresentanti della minoranza vengono spediti in missione al di là delle montagne orientali. Una tempesta si abbatte sui loro dirigibili, causando molte vittime. I sopravvissuti, tuttavia, non si perdono d'animo e fondano una nuova Confraternita nei pressi delle rovine della città di Chicago, con la speranza di fare ritorno, un giorno, al quartier generale in California. Ma una grave minaccia incombe sulla Confraternita e sul mondo intero..