Il personaggio del giocatore si sveglia da solo in una gabbia; non ricorda come sia finito lì, tutto quel che gli torna in mente sono delle figure ammantate nell'oscurità che l'hanno catturato rapidamente e silenziosamente. Ben presto scopre di essere stato privato di tutto il suo denaro ed equipaggiamento e fatto prigioniero da un misterioso mago di cui ignora gli intenti. Tuttavia, mentre il mago si prepara a "esperimenti di resistenza" sul protagonista, un servitore Golem riferisce di disordini nei livelli più alti del dungeon. Il mago è quindi costretto ad andare ad affrontare una banda di ladri che si sono introdotti nel complesso sotterraneo. Ben presto Imoen (già presente nel Baldur's Gate originario), maga/ladra amica d'infanzia del protagonista, irrompe nella stanza e lo libera; insieme incontrano i vecchi compagni di avventura Jaheira e Minsc, e decidono di farsi strada per la prigione in modo da liberare eventuali altri compagni prigionieri, trovare risposte alle loro domande e avere vendetta per il trattamento ricevuto da un mago di cui ancora ignorano persino il nome.