Batman: Arkham Origins include una Gotham City ancora pił estesa e introduce un prequel della storia originale, che si svolge alcuni anni prima degli eventi di Batman: Arkham Asylum e Batman: Arkham City. Il gioco si svolge prima dell'insurrezione dei pił pericolosi criminali e assassini di Gotham City e mostra un Batman giovane, inesperto e grossolano che, all'inizio della sua carriera come giustiziere, affronta un momento cruciale che in seguito lo porterą a diventare il Cavaliere Oscuro. Col procedere della storia, assisterai alla formazione di identitą e relazioni fondamentali.
