Nato e cresciuto nell'isolata e sperduta area di Siwa, Bayek è l'ultimo rappresentante dei Medjay, una storica e antica popolazione considerata i Guardiani del paese. Grazie alle sue abilità, preserva le tradizioni e il credo dell'Antico Egitto. Lui ha il potere e la forza per difendere la giustizia e proteggere chi ne ha bisogno. Una tragedia personale lo costringe a lasciare la sua terra per dare la caccia ed uccidere tutti i suoi nemici. Durante la sua missione incontrerà storiche figure, impegnati in un'epica guerra per il potere. Il suo viaggio lo porterà alla creazione della Confraternita degli Assassini.