Il gioco prende luogo nel 1491, tra gli eventi della Battaglia di Forlì e Falò delle Vanità in Assassin's Creed II. A Ezio Auditore viene richiesto un incontro con Antonio, capo della gilda dei ladri a Venezia. Una volta raggiunto Antonio, scopre che lui e Luis Santangel hanno bisogno di aiuto. Cristoforo Colombo, alleato di Luis, ha un incontro con Rodrigo Borgia, interessato ai suoi piani di navigare verso ovest. Luis sospetta che ci sia una trappola e richiede a Ezio di salvare Cristoforo. Quando Ezio raggiunge il luogo dell'incontro scopre che effettivamente era davvero una trappola.
