Io ho 2 installazioni di Thief 2, (anzi, sono 3, ma non complichiamo le cose) una per giocare e una per l'editing, così non faccio confusione.

Perciò non ho una sottocartella \miamissione. I miei percorsi sono diretti: Thief2\missione.mis, Thief2\missione.gam, \Thief2\fam\miafam, ecc ecc.
Forse tu stai usando FMSel? Ecco, quella è una delle cose che mi riprometto di imparare in seguito.....

E poi ti chiedo: ti capita mai che quando carichi la missione (.cow) non venga caricato il gamesys anche se lo hai associato con set_gamesys missione.gam?
No, non mi capita mai, anche perchè non uso cow, anche se so che forse dovrei. Io tengo .mis e .gam separati. Aggiorno il .gam molto spesso, ogni volta che aggiungo qualche nuovo elemento.