Io ho la versione per console e no, non c'è nessun modo per eliminarle del tutto. Per pc non so dirti.
Come ho scritto qualche pagina dietro, potresti sfruttare il momento in cui si aggrega Edea al gruppo. In quel momento le passi le magie che hai in eccesso, iniziando dai pg più importanti per te.
La seconda possibilità è iniziare il gioco già sapendo che è inutile far stockare a tutti i pg tutte le magie di primo livello. Ma questo, ovviamente, o lo si fa fin da subito o niente.
Ps: ci sarebbe anche una terza ipotesi e cioè usare tutte quelle in eccesso durante i combattimenti... ma sinceramente.. :P