La trama si svolge per tutta la durata del 31 Marzo, difatti quella notte per una strana coincidenza il tempo si è fermato e tutto il mondo continua a rivivere il giorno del 31 Marzo ma i nostri eroi sono gli unici ad accorgersi di questa anomalia temporale... e per loro sfortuna si accorgono presto che una forza misteriosa non li lascia uscire dal dormitorio.
Nel frattempo compare dal nulla Metis (che sarebbe il nuovo personaggio)
iniziando ad attaccare tutti. Quando stanno per esser sopraffatti Aigis evocando la sua persona (Atena) essa si trasforma in Orpheus mettendo Metis fuori combattimento.
Una volta risvegliata Metis racconta che lei e la sorella di Aigis ed è venuta per proteggerla... sul pavimento del dormitorio si è creato un enorme buco che conduce agli "Abissi del tempo", quindi visto che non possono uscire dal dormitorio decidono di esplorare quei dungeon per trovare delle risposte a questo strano fenomeno. Aigis prende in mano la situazione decidendo di accogliere Metis nel party.
Aigis ormai leader del party viene convocata nalla Velvet Room da Igor che gli spiega il perchè lei può controllare persone multiple e che il suo viaggio è cominciato andando alla ricerca del significato della vita.
L'abisso del tempo è formato da 7 porte dove ad intervalli regolari troviamo 2 boss per porta ed una volta arrivati al termine di ogni porta il party vede degli eventi passati di diversi membri del gruppo (Ken - Akihiko - Motsuru - Junpei - il cane - Yukari) nel momento in cui risvegliano per la prima volta la loro persona interiore (questi eventi non si sono mai visti in P3).
E' da sottolineare il fatto curioso che poco prima di ogni boss il party vede fuggire un'ombra assomigliante al protagonista di P3.
Una volta esplorate tutte le 7 porte fa capolino il boss che ha dato vita all'anomalia temporale e la formazione delle sabbie del tempo ovvero il protagonista di P3 in forma di shadow in grado di controllare le persone dei membri del party.
Quel boss rappresenta il rimpianto da parte del gruppo per non esser stato in grado di aiutare o proteggere l'amico durante la battaglia finale.
Una volta battuto il party ottiene 7 chiavi (una a testa) che se usate insieme possono farli uscire dal dormitorio e ripristinare l'anomalia temporale.
Metis dice al party che il dormitorio ha 2 uscite ovvero quella che conduce all'esterno permettendogli di andar avanti nella vita oppure la porta che conduce alla camera del Protagonista, in caso venisse aperta hanno la possibilità di ritornare indietro nel tempo prima del combattimento con Nyx. Ma si può aprire una sola porta.
Ed è qui che il gruppo si divide:
-Yukari e Mitsuru vogliono tornare indietro nel tempo per cercar di salvare il Protagonista
-Ken e Akihiko sono dell'idea che andare avanti sia la scelta migliore e che tornare indietro possa esser ancora più deleterio e rischioso...
-Junpei ed il cane vogliono arrivare ad un compromesso senza schierarsi
-Aigis non si schiera ma pensa che magari ci possa esser un'altra soluzione e Metis sta sempre dalla parte di Aigis come anche Fuuka.
Non essendo arrivati ad un compromesso pacifico decidono di affrontarsi direttamente per conquistare le chiavi altrui, difatti noi controllando Aigis e Metis dovremmo affrontare in combattimento: Ken e Akihiko / Junpei ed il cane / Yukari e Mitsuru. Una volta che Aigis si impossessa di tutte le chiavi ed avendo una chiacchierata con tutti decidono di visitare un'ultima porta che rappresenta la visione del sacrificio del Protagonista.
Saremo costretti a combattere contro Erebus (il boss finale) che è la rappresentazione dell'oscurità dei cuori della gente. Quindi possiamo vedere il nostro Protagonista che oltre a sconfiggere Nyx usa tutto il suo potere per trasformarsi in un sigillo in modo che l'oscurità dei cuori della gente non evochi nuovamente Nyx... difatti Nyx è solamente il desiderio evocato dall'oscurità della gente quindi potenzialmente immortale.
Dopo il combattimento tutti vengono evocati nella Velvet Room dove l'enorme dispiacere di Aigis per non esser riuscita a proteggere il Protagonista e sentirsi totalmente inutile ha creato in lei il desiderio di esser solamente una macchina staccando dal suo corpo la sua parte umana (che sarebbe Metis), ma rendendosi conto che ha comunque affianco degli amici e che può sempre continuar a proteggere il Protagonista cercando di eliminare l'oscurità dai cuori della gente ogni giorno riesce a superare il trauma e a trovare il significato della vita.
Dopo il party si sveglia nel dormitorio e l'anomalia temporale è cessata ma Aigis non si risveglia, facendo un'analisi si scopre che tutti i circuiti sono stati bruciati dall'eccessivo potere utilizzato (ovvero controllare persone multiple).
Quando ormai sembra tutto perduto Aigis si sveglia come essere umano e non più come macchina e decide di continuar ad andar a scuola con Yukari e gli altri, proseguendo la sua vita.
Fine.