Siamo nel 1190, durante la Terza Crociata. Altair dopo aver affrontato un arduo viaggio, torna ad Aleppo, che con sorpresa del protagonista, è attaccata da un manipolo di Templari, qui Al-Mualim, affida ad Altair un arduo compito: recuperare il Calice, un oggetto sacro dal grande potere capace di cambiare il destino di chi lo possiede. Altair dovrà lottare contro il principale antagonista del gioco: Lord Basilisk, lo spietato maestro Templare.Per ritrovare il calice Altair deve recuperare tre chiavi per entrare nel tempio dove il calice è custodito.
