Guida Ryu Hayabusa in una missione il cui obiettivo è vendicare il suo clan e impedire la distruzione del genere umano. Usa tutte le armi ninja a tua disposizione per aiutare Ryu a sopravvivere in un mondo pieno di rischi e di pericoli.
Londra, Regno Unito - I terroristi hanno preso la città uccidendo innumerevoli civili e tengono in ostaggio il Primo Ministro. Ora hanno una sola richiesta.
Dall'altro lato del mondo, due agenti segreti del governo volano verso un villaggio sperduto nella campagna del Giappone per riferire il messaggio: "Vogliono te, Ryu Hayabusa".
A Londra, Hayabusa si trova faccia a faccia con il capo dei terroristi, un uomo noto solamente come il Reggente della Maschera. Il Reggente gli scaglia una maledizione, la Morsa dell'Assassino, che si nutre delle vite che Hayabusa ha tolto. E Hayabusa ha tolto molte, moltissime vite.
Una maledizione con cui Hayabusa dovrà fare i conti mentre combatte negli angoli più reconditi del globo per salvare chi gli è più vicino. Per proteggere chi deve essere protetto e uccidere chi deve essere ucciso.
I ninja sono guerrieri d'élite che da secoli rappresentano il massimo in termini di abilità, pericolosità e precisione. Solo i candidati più letali ricevono la rara e ambita opportunità di unirsi al clan.
La prova finale nell'addestramento di un ninja consiste nell'affrontare un vero maestro ninja in combattimento. Per anni, Yaiba è stato quel maestro. Tuttavia, dopo aver sofferto l'umiliazione di servire un clan guidato da leader senza volontà né spina dorsale, si rende conto di averne avuto abbastanza. E che la cosa più naturale da farsi è reclamare quelle vertebre inutilizzate per sé. Agli occhi di Yaiba, il più debole di tutta la sua confederazione di vigliacchi è il "leggendario" Ryu Hayabusa.
Quindici ninja morti più tardi, Yaiba si trova faccia a faccia con lo spot vivente del conformismo. Quando la polvere della furiosa battaglia si dirada, Ryu Hayabusa ne esce vincitore… per il momento. Ma questo è solo l'inizio della storia…
Ciò che Hayabusa ha tolto a Yaiba con la Spada del Drago – un occhio, un braccio e la vita – gli viene restituito dalla tecnologia. In seguito all'intervento dei suoi misteriosi benefattori, Yaiba si risveglia, pieno di rabbia come sempre. Solo che, adesso, un'epidemia zombie minaccia di trascinare il mondo intero nell'oscurità. Armato di tecnologia all'ultimo grido, in senso letterale quanto figurato, deve farsi strada fino ad Hayabusa attraverso legioni di non-morti grotteschi e deformi. Mentre Ryu lotta contro il tempo per scoprire la fonte dell'infezione, Yaiba deve abbandonare il proprio sentiero parallelo di distruzione, se vuole avere la sua vendetta.
Molti anni sono passati da quando l'ultima Guerra Mondiale ha inflitto danni catastrofici all'umanità, lasciando solo pochi sopravvissuti. Nella nuova comunità "Cocoon", la vita è minacciata da un materiale nero chiamato Erosion, che contribuisce a creare un ambiente post-apocalittico. Gli esseri umani sopravvissuti hanno reclutato delle milizie per distruggere l'Erosion e abbattere la "Torre Vivente". Entra in scena il coraggioso guerriero Syd, le cui intenzioni sono di distruggere la Torre e nella sua ricerca all'interno della torre per scoprire la verità, incontra la bella e misteriosa Filena. Il materiale di cui è composta la torre intensifica i suoi effetti a mano a mano che il giocatore penetrerà nelle sue profondità mutando continuamente l'ambiente circostante.
La città di Londra, cupa e piovosa.
Come sbucato dal nulla, un misterioso gruppo di terroristi fomenta un'insurrezione armata. Dopo aver imprigionato il Primo Ministro nella sua residenza, insieme ai suoi familiari e politici di spicco, i sequestratori inoltrano una sola richiesta:
"Vogliamo Ryu Hayabusa".
Ishigami e Mizuki, agenti speciali del ministero giapponese della difesa, informano Ryu della situazione e quindi si recano insieme a Londra.
Dopo aver superato gli assalti dei terroristi a fil di spada, Ryu si trova faccia a faccia con il loro capo, il Reggente della maschera.
Dopo una feroce battaglia, e ormai certo di avere ferito a morte il nemico, Ryu si accorge improvvisamente di avere il braccio destro maledetto dalla Morsa dell'Assassino, un sigillo che si nutre dell'odio di tutte le sue vittime.
Se non riuscirà a debellarla, la maledizione gli divorerà il braccio e quindi fagociterà il corpo intero, togliendogli la vita.
Mentre la maledizione si stringe su Ryu, impedendogli di combattere al meglio, il Reggente della maschera dichiara guerra al mondo intero.
Riuscirà Ryu a sventare la fine del mondo prima di morire?
Schiacciato dal peso delle stesse vite che ha strappato, Ryu si fa forza per fermare i piani malvagi dei terroristi.
