La storia di Assassin's Creed inizia nel settembre del 2012, quando un barista di nome Desmond Miles, si risveglia dopo una sessione difettosa dell'Animus (uno speciale macchinario) all'interno dei laboratori delle Industrie Abstergo a Roma dopo essere stato rapito. Desmond è stato "scelto" per il progetto per via del suo antenato Altaïr, un membro della setta degli Assassini vissuto durante la Terza Crociata in Terra Santa; i dirigenti dell'Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui ha avuto a che fare Altaïr e vorrebbero saperne di più.
