La seconda guerra mondiale è prossima alla conclusione e russi e tedeschi si scontrano in una furiosa battaglia per la conquista di Berlino. Il giocatore veste i panni di un tiratore scelto americano inviato dall'OSS, la cui missione è di vitale importanza: recuperare le informazioni del progetto nucleare tedesco per evitare che Stalin acceda alle ricerche sulla bomba atomica e alla tecnologia V2 della Germania, un'anticipazione della guerra fredda.
Dopo gli eventi narrati nel primo Soul Calibur, Siegfried, il cavaliere alla ricerca dell'assassino del padre, è arrivato a brandire la spada, tuttavia, la malvagità che albergava nella sua anima ha avuto il sopravvento, rendendolo schiavo della Soul Edge. Trasformatosi così nel cavaliere azzurro, Nightmare, Siegfried ha iniziato a girare l'intera Europa per brandire altre anime con cui sfamare la sua interminabile sete di potere.
