L'Historia Crux si configura in termini di gioco come un menù a cui potremo accedere in qualsiasi momento - salvo situazioni critiche - per recarci in una qualsiasi delle locazioni sbloccate: queste avranno una precisa collocazione spazio-temporale e pertanto capiterà sovente di ri-visitare gli stessi luoghi in epoche differenti. Sarà addirittura possibile che due locazioni indichino lo stesso luogo e la stessa epoca, ma in timeline differenti: risolvendo i paradossi altrove, infatti, sarà possibile sbloccare determinati “what if”, e così facendo creare dei doppioni di locazioni - distinti tra loro dalla sostituzione degli 0 della data con delle X (“anno 10” e “anno 1X”, per dire, indicano lo stesso luogo e la stessa data, ma timeline differenti).
La questione dei Paradossi è talmente rilevante che risolverne uno può portare variazioni sia al futuro sia al passato. Non solo: il potere di Serah e Noel sul multiverso del tempo li porterà anche a trovare determinati oggetti, chiamati “lucchetti”, in grado di “resettare” una locazione per riportarla alla condizione orginaria, ossia quella in cui l'hanno trovata la prima volta che vi hanno avuto accesso. Perché tutto ciò? Semplice: alcuni ostacoli possono avere molteplici soluzioni, ed anche se la condizione finale potrebbe essere identica, potrebbe essere utile esplorare le “altre strade”.
Un esempio vale più di mille parole: alcuni mostri molto potenti sono studiati perché debbano essere affrontati dopo averli indeboliti in svariate maniere, o addirittura evitati del tutto, in quanto troppo forti per le potenzialità dei personaggi. Ebbene: tornando in una locazione con personaggi molto più potenti (ore ed ore di gioco più tardi), potrebbe essere possibile abbattere uno dei nemici in questione senza ricorrere a mezzucci, ottenendo così anche nuove ricompense. I lucchetti sono comunque sempre rimuovibili in modo da riportare la locazione allo stato in cui l'avevamo lasciata.
Durante l'esplorazione delle varie locazioni potrete interagire con l'ambiente circostante, dialogando con le persone per ottenere indizi o sotto-quest (solitamente del tipo “uccidi il mostro” o “trova l'oggetto”) e raccogliendo tesori, alcuni dei quali semi-nascosti od irraggiungibili, ottenibili solo con l'aiuto di Mog, la simpatica mascotte della squadra che in battaglia si tramuta nell'arma brandita da Serah.