Una volta saliti a bordo dovrete portare a termine gli obbiettivi assegnativi seguendo l'ordine di importanza di ciascuno di essi (prima l'obbiettivo primario, poi quello secondario e così via), poiché una volta eseguito il principale potrete tranquillamente tornarvene alla base e procedere alla missione successiva, infischiandovene degli altri obbiettivi, utili "solo" a mettervi in mostra ai vostri superiori e a farvi acquisire nuovi gradi
La cosa bella di Freespace è la varietà delle missioni a cui andrete incontro, non sarà sempre un palese spara e distruggi, il vostro compito potrà sì essere quello di scortare navi alleate o di distruggere postazioni nemiche strategiche, spesso però (specialmente quando dovrete studiare la tecnologia degli Shivans) dovrete impadronirvi delle navi nemiche, senza ovviamente farle saltare per aria. Per compiere operazioni simili dovrete imparare a bersagliare determinati punti delle navi avversarie (motori, torrette, sistema di navigazione e altro) senza però andare a colpire la struttura della nave facendola così saltare in aria. Grazie a questa possibilità le missioni avranno una dose di strategia in più, dovrete spesso cercare di disattivare i sistemi di incrociatori nemici mentre sciami di caccia e bombardieri vi massacrano di colpi; dovrete decidere chi deve sacrificarsi in un attacco stile Kamikaze per disattivare le torrette di un incrociatore, o chi deve distrarre i caccia nemici mentre voi bombardate i motori di una fregata