Mare di Bering, anno 2005. L'ex agente speciale Solid Snake della FOX-HOUND viene prelevato con la forza dalla sua casa in Alaska e messo in contatto con il colonnello Roy Campbell: dovrà svolgere una missione nell'impianto di smaltimento di testate nucleari sull'isola di Shadow Moses, nell'arcipelago delle isole Fox. L'impianto è stato occupato da terroristi guidati dagli attuali membri dell'unità FOX-HOUND capeggiati da Liquid Snake: come Solid Snake nota in una fotografia, le sue fattezze e quelle di Liquid sono praticamente identiche.
Ambientato tre anni dopo Suikoden, nei territori situati a Nord-Ovest della Repubblica di Toran, racconta della guerra di invasione del truce principe Luca Blight contro le Città Stato. I protagonisti sono due amici d'infanzia scampati ad un massacro.
Sette anni dopo, Harry, rimasto vedovo da ormai quattro anni, viene convinto dalla figlia a visitare la città di Silent Hill e intraprendono insieme un viaggio in auto. In prossimità della città Harry viene però ostacolato da una fitta nebbia, e mentre quest'ultima si dissipa, l'uomo scorge improvvisamente una ragazzina in mezzo alla carreggiata. Per evitarla sterza bruscamente e perde il controllo del fuoristrada, finendo in testacoda contro un cancello. Al suo risveglio, Harry si accorge che Cheryl non c'è più, e comincia così a vagare alla sua ricerca per le strade di Silent Hill. Pochi metri più avanti, Harry scorge tra la nebbia sua figlia che cerca invano di raggiungere, ma rimasto bloccato in un vicolo viene assalito da creature che lo attaccano fino ad ucciderlo.
