La storia del gioco parte da dove era finita quella del primo episodio della serie, Crash Bandicoot, di cui questo capitolo rappresenta una diretta continuazione. Crash è appena fuggito dal dirigibile del dottor Neo Cortex con la sua ragazza Tawna, salvandola dalle grinfie del malvagio scienziato. Cortex, precipitato dal suo dirigibile, si schianta su un'isola (sopravvivendo) e scopre una caverna buia contenente un lungo cristallo appuntito di colore viola.
