Mare di Bering, anno 2005. L'ex agente speciale Solid Snake della FOX-HOUND viene prelevato con la forza dalla sua casa in Alaska e messo in contatto con il colonnello Roy Campbell: dovrà svolgere una missione nell'impianto di smaltimento di testate nucleari sull'isola di Shadow Moses, nell'arcipelago delle isole Fox. L'impianto è stato occupato da terroristi guidati dagli attuali membri dell'unità FOX-HOUND capeggiati da Liquid Snake: come Solid Snake nota in una fotografia, le sue fattezze e quelle di Liquid sono praticamente identiche.
Ambientato tre anni dopo Suikoden, nei territori situati a Nord-Ovest della Repubblica di Toran, racconta della guerra di invasione del truce principe Luca Blight contro le Città Stato. I protagonisti sono due amici d'infanzia scampati ad un massacro.
