Crash, Aku Aku e Coco si godono un po' di riposo sulla spiaggia di N. Sanity Island, quando improvvisamente un terremoto, l'eruzione del vulcano dell'Isola, un enorme tsunami ed una tempesta sconvolgono l'isola. Preoccupato, Aku Aku indaga sull'accaduto, e scopre che il suo fratello malvagio Uka Uka, esasperato dai continui fallimenti dei suoi scagnozzi, ha liberato gli Elementali, maschere crudeli e potentissime, dallo stato di ibernazione che li teneva prigionieri. Intanto il perfido Dr. Neo Cortex presenta il suo nuovo progetto: Crunch Bandicoot, una creatura mutante e dotata di forza spaventosa il cui unico scopo è distruggere Crash Bandicoot e i suoi amici.
