Due anni dopo gli eventi di Metal Gear Solid, Solid Snake ed Otacon (entrati a far parte di Philantropy, l'organizzazione costituita allo scopo di eliminare i vari Metal Gear fabbricati in seguito alla vendita sul mercato nero da parte di Revolver Ocelot dei dati del Metal Gear REX) tornano ad accouparsi della salvezza del mondo dall'insidia del nuovo Metal Gear RAY. Tuttavia, non saranno pił soli.
