Due anni dopo gli eventi di Metal Gear Solid, Solid Snake ed Otacon (entrati a far parte di Philantropy, l'organizzazione costituita allo scopo di eliminare i vari Metal Gear fabbricati in seguito alla vendita sul mercato nero da parte di Revolver Ocelot dei dati del Metal Gear REX) tornano ad accouparsi della salvezza del mondo dall'insidia del nuovo Metal Gear RAY. Tuttavia, non saranno più soli.
Onimusha: Warlords è ambientato nell'anno 1560 nel Giappone feudale quando il potente e temuto signore della guerra, Nobunaga Oda inizia il suo cammino per comandare il Giappone. Nobunaga ha appena sconfitto Yoshimoto Imagawa, un altro famoso signore della guerra, con un attacco di sorpresa e ora si prepara ad attaccare il famoso castello di Yoshitatsu Saito nella prefettura di Mino. Durante uno scontro caotico, una giovane principessa viene rapita. Il rinnegato, Samanosuke, un guerriero samurai ed eccezionale spadaccino, si propone volontario per liberare la principessa senza accorgersi che una legione di demoni guerrieri si frappone fra lui e la principessa. Basato sia su una vera storia giapponese che su vicende inventate della Capcom, Onimusha: Warlords PlayStation 2 divertirà tutti quelli che raccoglieranno la sfida.
Siberia, 1967. Un uomo viene ucciso davanti un camion. Un altro sta cercando alcuni documenti in un ufficio francese ma viene strangolato. L'ultimo esplode con la sua macchina in Finlandia. Sul luogo di tutti gli omicidi viene lasciato un giglio rosso.
Cate Archer, prima agente donna della agenzia anti-terroristica Unity (attualmente amministrata da Mr. Jones e Mr. Smith, ex agenti sul campo) e il suo amico e mentore Bruno Lawrie, vengono informati dell'accaduto; quegli uomini infatti lavoravano per l'agenzia e in dieci giorni ne sono morti sette (quasi la metà degli agenti). Quando però, i due amministratori informano a Cate e Bruno che sul luogo del delitto c'è un giglio rosso, la ragazza capisce che l'assassino non è altri che il russo Dimitrij Volkov.
