La trama viene espansa in maniera esauriente nei primi 3 capitoli del gioco, aggiungendo molte missioni e diverse altre scelte tra le classi disponibili. Una delle aggiunte più evidenti è la presenza di un nuovo livello (o mondo) chiamato "Jharkendar", che consiste in una nuova zona estesa quanto la mappa principale (Khorinis).
La storia inizia riprendendo il finale "neutrale" di Gothic III (uno dei tre possibili) in cui l'eroe senza nome non si schiera con nessuna divinità e segue il consiglio di Xardas, distruggendo gli artefatti di Adanos, uccidendo i rappresentanti delle divinità Beliar e Innos: rispettivamente Zuben, signore del deserto del Varant e Re Rhobar II, signore di Myrtana. L'eroe in seguito fugge insieme al negromante attraverso un portale diretto verso delle Terre Ignote.
