Garrett, il maestro del furto, esce allo scoperto e si addentra nella Città. In questo luogo pericoloso, preda di un’ondata di paura e oppressione fomentata dalla milizia del Barone, può contare solo sulle sue forze. Nemmeno i cittadini più prudenti possono dormire sonni tranquilli.
Quando finalmente scoppia la rivolta, Garrett si ritrova coinvolto nel conflitto. Guidati da Orion, il leader dei ribelli, gli abitanti della Città sono pronti a sacrificare tutto pur di liberarsi dalla tirannia del Barone. La rivoluzione è inevitabile, ma senza l’aiuto di Garrett il sangue scorrerà a fiumi e la Città sarà dilaniata dalla guerra civile.
Il gioco è ambientato nel 2029, due anni dopo gli eventi di Human Revolution e il famigerato incidente a Panchaea che ha causato la morte di milioni di persone per mano di coloro che avevano installato i potenziamenti.
Questo evento ha creato un enorme divario tra chi ha potenziamenti, e coloro che non ne hanno.
In questo devastante tumulto esistono varie fazioni che cercano di manipolare l'umanità distorcendo l'opinione pubblica sul tema dei potenziamenti per promuovere il proprio disegno e nascondere la verità su ciò che è realmente accaduto.
Quando il caos sociale e politico raggiunge il culmine, l'agente anti-terrorismo super-potenziato Adam Jensen rientra in azione.
Rafforzato da nuovissimi potenziamenti che aumentano il suo formidabile arsenale strategico, Jensen visiterà diverse nuove location per scoprire le verità nascoste sotto nuovi complotti e cospirazioni.